Osídľovanie dnešného územia Miklušovského chotára spadá pravdepodobne do poveľkomoravského obdobia, azda do 11. - 12. storočia. Tento kraj potom postupne osídľovali ľudia, ktorí utekali pred nájazdami Tatárov. Pôvodní osídlenci, ktorí boli katolíkmi západného obradu, však toto územie opustili. V 13. storočí tu bol postavený chrám, ktorého podstatná časť stojí až dodnes. V druhej polovici 13. storočia toto územie už obývali prevažne katolíci východného obradu.
Názvy obce od počiatku až dodnes: 1330 – (villa) Nikolay, Mykleusuagasa, Micloysuagasa, 1773 – Miklósvágás, Miklósvagas, Miklussowcze, 1786 – Miklóschwágásch, Miklussowce, 1808 – Miklósvágás, Miklússowce, Mikulássowce, 1863 – Miklósvágás, 1907 – Miklósvágása, 1920 – Miklúšovce, 1927 – Miklušovce.
Najstaršie písomné správy o Miklušovciach sú z roku 1330. Na začiatku 14. storočia boli vo vlastníctve šľachticov z Drienova, ktorým ich kráľ Karol Róbert skonfiškoval a daroval šľachticom Druhgetovcovm, avšak nie na trvalo. Obec sa opäť stala majetkom kráľa a Žigmund ju v roku 1386 daroval drienovským šľachticom. Ani táto donácia nebola trvalá, už v roku 1391 Miklušovce daroval šľachticom zo Sečoviec, ktorým patrili aj v 1. polovici 15. storočia. Neskôr, ako majetkovej súčasti hradného panstva Richnava, boli ich vlastníkmi Zápoľskovci, Salmisovci, Groffovci. Ďalší listinný doklad o obci je z roku 1480. V písomnostiach zo 14. - 16. storočia vyskytuje sa obec pravidelne pod maďarským názvom Mykloswagasa vo význame Miklušova Poruba. Maďarský názov zachoval skutočnosť, že sídlisko vybudovali usadlíci spolu so šoltýsom podľa zákupného práva. Sedliacke domácnosti v roku 1427 zdanili od 39 port, takže Miklušovce boli veľkou dedinou.
V roku 1600 sídlisko pozostávalo zo 16 obývaných domov, domu šoltysa, kostola, fary a školy. Koncom 16. storočia boli Miklušovce len stredne veľkou dedinou s prevažne poddanským obyvateľstvom. Kedysi, pravdepodobne koncom 17. alebo začiatkom 18. storočia tu vraj bola vysoká pec HAMER, v ktorej vtedajší ľud vyrábal železné predmety a hlavne náradie, ktoré dodávali do bane v Gelnici. Výroba predmetov a náradia skrachovala a bola premiestnená do neďalekej obce Rolová Huta. Baňa na kameň sa nachádza oproti terajšiemu obecnému úradu na kopci.
Za dedinou smerom na Sedlice v okolí poľnej cesty sa lámal pieskovec. Z kameňa je vyrobená krstiteľnica v chráme, všetky pomníky na židovskom cintoríne a sochy spolu s kamennými stĺpmi zábradlia, ktoré tu boli nájdené, ale dnes nikto nevie kde sú.
Vtedajšie obyvateľstvo bývalo v dreveniciach so strechami pokrytými slamou. Z remesiel tu prevládalo drevorubačstvo, poľnohospodárstvo, tkáčstvo a z malej časti furmanstvo, kováčstvo a kamenárstvo.
V 18. storočí obec patrila Semseyovcom a Görgeyovcom. Začalo sa s výstavbou mlyna poháňaného vodným kolesom. V 19. storočí obec už vlastnili Ghillányiovci. V 30 – tych rokoch 19. storočia postihli obec epidémie cholery. Tí, čo zomreli boli pochovaní v spoločnom hrobe na cintoríne, ktorý sa nachádza asi desať metrov napravo od kríža medzi lipami. Hovorí sa, choroba úplne ustala až po zázraku v Levoči. To zároveň aj upevnilo ľudí vo viere. V 19. storočí bol zasadený aj jeden z najstarších stromov v dedine – hruška, ktorá sa nachádza v Mlyne. V roku 1889 boli Miklušovce celé vypálené. Na smutnú pamiatku toho dali obyvatelia postaviť kríž na mieste, kde sa požiar zastavil.
Podľa výpovedí pamätníkov prvá svetová vojna prebiehala celkom pokojne. Neboli tu žiadne veľké boje hoci pár ľudí vraj prišlo o život. Boje sa spomínajú len na kopci za dedinou smerom na Sedlice. V dedine sa síce nestrieľalo, ale po vojne tu bol hlad a preto v dvadsiatych až tridsiatych rokoch veľa ľudí odišlo za prácou do Ameriky.
Medzi dvoma vojnami, sa žilo veľmi ťažko. Keďže Miklušovce sú dosť členitý a vysoko položený kraj, prevládalo tu naďalej pestovanie ľanu a konope, z obilnín žito. Bol tu obrábaný každý kúsoček pôdy. V rokoch 1924 a 1933 Miklušovce postihli veľké povodne. V rokoch 1935 - 1940 chodili do dediny misionári, ktorí učili ľudí modliť sa, nové piesne a upevňovali ich vo viere. Na ich prednášky chodili väčšinou ženy a dievčatá. Niektoré si to pamätajú až dodnes. Vznik včelárstva sa datuje od roku 1937 a jeho zakladateľom je Štefan Matys.
Počas II. svetovej vojny bolo v dedine celkom pokojne. Nemeckí vojaci vo vojne boli ubytovaní u domácich obyvateľov, ktorí si na nich spomínajú ako na celkom normálnych ľudí. Za stravu im síce platili len niektorí, ale nijako im neubližovali. Koncom vojny, keď do dediny prišli ruskí partizáni, tu už skoro nič neostalo, čo však nestihli zobrať Nemci to zhabali Rusi.
Rok 1945 bol rokom krviprelievania na slovenskom území, ale aj rokom veľkých nádejí na skorý koniec vojny. V našej obci sa začína ohňom. Z obce začínajú odchádzať 12. januára. Keď 20. januára prešli posledné jednotky Nemcov, vyhadzovali za sebou všetky mosty. Aby sťažili prístup do obce Rusom vyhodili aj most vyše dediny pri Gumanovi smerom na Klembarok. Obec bola oslobodená 20. januára 1945. Na miestnom cintoríne, ktorý je na pôvodnom mieste, sa nachádza vojenský hrob neznámych padlých vojakov z II. svetovej vojny. Okrem tohto cintorína sa na katastrálnom území Miklušoviec v lokalite Na ústky nachádza židovský cintorín. Najstarší cintorín, ktorý už zanikol je vymedzený kamenným múrom okolo miestneho chrámu. Životné pomery po vojne boli ťažké. Po vojne sa začalo znárodňovanie a vzniklo JRD. V 50-tych a 60-tych rokoch najviac ľudí poznačil komunizmus a pravoslávie. Následky toho sú až dodnes, hoci sa od tých čias zmenilo už veľa.
Začiatkom februára v roku 1947 sa v obci začína prevádzať elektrifikácia. V tejto súvislosti sa niektorí rozhodli pre výstavbu píly, ktorá začína pracovať koncom augusta 1947. Je postavená na vyšnom konci dediny, na pozemku Gréckokatolíckej cirkvi. O zriadenie píly sa najviac zaslúžil Ján Tomko, riaditeľ štátnej ľudovej školy. Pre občanov mala píla veľký význam, pretože tu mnohí našli zárobok a nemuseli odchádzať za prácou do vzdialených miest. Pílu postupne vlastnili viacerí ľudia, v roku 1958 však skončila svoju činnosť.
Autobus ČSAD začal premávať v obci 25. septembra 1948. Tehelňa, ktorá bola daná do prevádzky v roku 1958 začala riadne fungovať a pracovalo v nej 8 ľudí. Vápenníky v obci fungovali od roku 1950 do roku 1960. Prvý televízor v obci zakúpila v roku 1959 z Prešova rodina Maričákových. Veľkú zásluhu na výstavbe obecného rozhlasu v obci v roku 1963 mal Ján Tomko, ktorý svojimi známosťami zaistil pre rozhlas finančné prostriedky od ONV. Po veľkej námahe predstavených obce, začali sa dňa 1.9. 1964 stavať dva mosty a to pred farou a pred Skybom. Ďalšie dva mosty boli postavené v roku 1965, potom ďalší v roku 1981 a posledný v roku 1986. Prvé autá v obci si zakúpili v roku 1966 Emil Kollár a Jozef Seman. Obecný vodovod bol postavený v roku 1971, s jeho výstavbou sa začalo v roku 1969. V roku 1978 sa zabezpečilo napojenie vodovodného potrubia na vodovod Klenov, čím sa vylepšila situácia zásobovania občanov a zriadila sa zberňa fliaš na propán bután. V priebehu roka 1974 sa v obci vybudovali bezprašné cesty a v júli sa previedlo prečíslovanie domov.
V decembri 1980 sa začalo s vývozom smetia a domácich odpadkov obyvateľov na verejné smetisko z dôvodu znečisťovania miestneho potoka. Rekonštrukcia elektrickej siete a verejného osvetlenia sa uskutočnila v roku 1983, kedy sa ohradil aj cintorín. Plynofikácia obce bola prevedená v roku 1998. S jej výstavbou sa začalo roku 1996. V dome Jozefa Senčáka sa v minulosti venovali remeselnej výrobe korýt, kolies, prútené metiel, košárok a výrobe oleja. Vo svojej dobe boli v obci dva súkromné obchody, ktoré vlastnili Juraj Matys v rokoch 1932 - 1940 a Štefan Matys v rokoch 1940 - 1970. Jednota SD Prešov - predajňa Miklušovce je v prevádzke od roku 1971. S jej výstavbou sa začalo v roku 1969. Ďalší súkromný obchod bol zriadený v roku 1994 pani Emíliou Senčákovou. Súkromné krčmy boli u Juraja Matysa, Juraja Dolinského, Štefana Matysa a Izidora Blatta.
